Jedna z hipotez dotyczących początków Świętej Lipki wiąże się z napadem dokonanym w 1311 roku na okoliczne ziemie przez pogańskiego księcia Litwy Witenesa.
Dokonywał on grabieży, brał w niewolę zamieszkujących tamten teren chrześcijan. Później został pokonany przez wojska krzyżackie dowodzone przez komtura Heinricha von Pltzke. Podczas najazdu Witenes miał dokonać profanacji (podeptania) hostii. W miejscu, w którym doszło do zbezczeszczenia, na drzewie miała zostać zawieszona kapliczka przypominająca o popełnionym grzechu i konieczności modlitwy przebłagalnej, wynagradzającej i ekspiacyjnej.
Druga hipoteza jest związana z wierzeniami dawnych ludów. W przeszłości teren ten zamieszkiwało jedno z plemion Prusów Bartowie.
Jego stolicą były pobliskie Barciany. Teren na północny wschód od nich zajmowali Jadźwingowie. Wierzyli oni w to, że w drzewach lipowych
zamieszkują dusze zmarłych kobiet. Dlatego na jednej z lip ustawiono później figurę Matki Bożej.
Wedle legendy jednemu z więźniów oczekujących na śmierć w zamku w Kętrzynie ukazała się Matka Boża i kazała mu wystrugać w drewnie
figurkę ze swoją podobizną. Gdy na drugi dzień sędzia ujrzał piękne dzieło, uwolnił więźnia. Zgodnie z nakazem Maryi były skazaniec umieścił
figurkę na lipie przy drodze z Kętrzyna do Reszla, gdzie szybko zasłynęła cudami. Wkrótce wzniesiono w tym miejscu pierwszą kaplicę. U początków sekularyzacji Prus protestanci zniszczyli kaplicę, a figurkę utopili w Jeziorze Wirowym. Po odzyskaniu wolności wyznania przez katolików staraniem Stefana Sadorskiego wzniesiono drugą kaplicę, w której umieszczono kopię obrazu Matki Bożej Śnieżnej. Oddano ją pod opiekę jezuitom.
Kaplica szybko okazała się za mała. Jej miejsce zajął kościół pod wezwaniem Nawiedzenia Najświętszej Maryi Panny. W 1968 roku kardynał
Stefan Wyszyński koronował cudowny obraz Matki Bożej Świętolipskiej. Papież Jan Paweł II w 1983 roku nadał świątyni tytuł bazyliki mniejszej.
Sanktuarium jest nazywane perłą polskiego baroku. Jako jedyny na terenie Polski kościół jezuicki posiada krużganek, znajdują się tu też
piękne freski autorstwa Macieja Jana Mayera i zabytkowe organy z ruchomymi figurkami.
W sezonie letnim w Świętej Lipce odbywają się koncerty organowe z udziałem artystów z całego świata. Sanktuarium to także Częstochowa
Północy, a tradycja pielgrzymkowa sięga w tym miejscu XV wieku. Rocznie Świętą Lipkę odwiedza około 400 tysięcy pielgrzymów.