Nowy Jork, 1896 rok. Miastem wstrząsają makabryczne zabójstwa chłopców-prostytutek. Skorumpowani policjanci prowadzą oficjalne śledztwo, ale niezależnie od nich działa tajna grupa powołana przez Theodore'a Roosevelta, późniejszego prezydenta Stanów Zjednoczonych. Najważniejszy w tej grupie jest tytułowy alienista - dziś powiedzielibyśmy psychopatolog - Laszlo Kreizler, który wykorzystuje całą swą wiedzę, by stworzyć profil psychologiczny mordercy i w ten sposób wpaść na jego trop. Wraz z dziennikarzem Johnem Schuylerem Moore'em i Sarą Howard, pierwszą kobietą zatrudnioną przez nowojorską policję, działa w nowatorski dla kryminalistyki sposób, by złapać zabójcę, nim znów dokona zbrodni.